在这个世界上，有很多叫扩增子的结题报告，但跟其他扩增子相比，我，觉得自己很不一样，比如我很帅，有文化，甚至还假装出了本书。
16S rRNA的高变区具有属或种的特异性，一直被认为是最适于微生物系统发育和分类鉴定的指标。通常选择1~2个变异区域，利用它旁边的保守区设计通用引物，对高变区进行测序分析，从而研究环境微生物中群落结构的多样性。
我出身显赫，来自诺禾致源，有三个老婆（16S，18S，ITS），最宠爱的是16S。我明白你们对我还有很多疑问，但是如果你们了解过我，一定会彻底爱上我，虽然我只是一份报告。
我目前的身家，主要是样本内α多样性分析，样本间β多样性分析以及环境因子关联分析三大块，另外还有一些肠型分析和PICRUSt分析之类的副业。通常，在一个项目的数据下机之后，首先会进行质控，然后OTU聚类和过滤，它是后续所有分析的核心，整个分析的流程就如下图所示（点击图片放大查看更清晰）。
现在，我要让你们瞧瞧我帅在哪：
通过下方（图1）的柱形图，你们可以了解各样品的OTU聚类和注释的整体情况。而OTU table 的路径位于结果文件result/02.OTUanalysis/taxa_abundance中，包含了均一化前后的绝对丰度和均一化后的相对丰度。
图1 各样品的OTUs聚类和注释情况统计
你们也可以输入自己感兴趣的样本或是物种名称，就可以展示这个样本的物种注释情况或是这个物种在各个层级的占比情况（图2，图3）。
图2 OTU序列注释结果的Heatmap示例
图3 物种注释结果可视化展示
通过聚类热图（图4），你们可以看到物种在不同样品或不同分组中丰度的高低情况。左边是各样品的物种丰度聚类热图，右边是各分组的物种丰度聚类热图。
图4 物种丰度聚类图
而通过三元相图（图5），你们可以看见优势菌种在各组别中的含量差异，圆圈与哪一顶点越接近，就表示此物种在这个分组中含量越高。
图5 三元相图
通过一系列统计学分析指数可以评估各样品中微生物群落的物种丰富度和多样性的差异（表1）。
表1 Alpha多样性指数统计表
稀释曲线可直接反映测序数据量的合理性，并间接反映样品中物种的丰富程度，当曲线趋向平坦时，说明测序数据量渐进合理。而Rank Abundance曲线，在水平方向上，物种的丰富度由曲线的宽度来反映，物种的丰富度越高，曲线在横轴上的跨度越大；在垂直方向上，曲线的平滑程度，反映了样品中物种的均匀程度，曲线越平缓，物种分布越均匀（图6）。
图6 稀释曲线和Rank Abundance 曲线
图7和图8展示的是样本间共有物种和特有物种，当样本（组）数小于5时，绘制成韦恩图（Venn Graph），当样本（组）数大于5时，会展示花瓣图。
图7 韦恩图
图8 花瓣图
鉴于一次露个够不是我的作风，细水长流才能恒久远，当然，我也是从别人那儿听说，意犹未尽之时戛然而止，来个广告，会更有看的欲望。虽然我只是一份报告，但套路也是要有的，所以下期，不见不散。
微生物业务线 张黎杰丨文案
王 迪丨编辑
配图来源于网络，侵删
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